对于企业的发展来说，随着企业经济的扩大都是会去成立许多的分公司，而按照相关的规定来说，虽然没用采用独立核算的公司都是需要汇总到总公司进行汇算清缴，与其他的一些公司还是存在不小的区别，因此对于分公司来说，分公司汇算清缴怎么办理呢？一起和君林小编来了解一下。
1、分清分公司是否需就低分摊缴纳企业所得税
根据跨区域经营的企业所得税管理办法规定总机构和 具有主体生产经营职能的二级分支机构， 就地分摊缴纳企业所得税。其中，二级分支机构，是指汇总纳税企业依法设立并领取非法人营业执照（登记证书），且总机构对其财务、业务、人员等直接进行 统一核算和管理的分支机构。
2、计算分支机构分摊比例
总公司需要按照上年度分支机构的营业收入、资产总额、职工薪酬等因素计算各个分支机构的分摊税款比例，三种因素的权重比例为：0.35、0.30、0.35。
某分支机构分摊比例计算公司为：
某分支机构分摊比例＝（该分支机构营业收入÷各分支机构营业收入之和）×0.35+（该分支机构资产总额÷各分支机构资产总额之和）×0.30＋（该分支机构职工薪酬÷各分支机构职工薪酬之和）×0.35。
3、计算各分支机构的税额
根据企业所得税法规定，汇总纳税企业的企业所得税的预缴税款，其中的50%在分支机构中分摊，各分支机构根据分摊税款就地办理缴库或退库，另50%由总机构分摊缴纳。
4、各分支机构按期季度预缴税款
根据缴税期限，由总机构所在地主管税务机关具体核定，按照上述方法就地缴纳。
5、分支机构根据总机构年度汇算清缴
汇总纳税企业应当自年度终了之日起五个月内，由总机构汇总计算企业年度应纳所得税额，扣除总机构和各分支机构已预缴的税款，计算出应缴应退税款，按照57号公告规定的税款分摊方法计算总机构和分支机构的企业所得税应缴应退税款，分别由总机构和分支机构就地办理税款缴库或退库。
以上也就是分公司汇算清缴怎么办理的介绍了，其实总的来说，更多的操作主要还是在总公司，分公司如果没有进行独立核算，那么只需要将各种的数据提交给总公司即可，如果是独立核算的分公司按照正常公司的汇算清缴流程进行清算即可。
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