一、印花税问题
印花税是平时容易忽视的小税种，但注销的时候一定要会被翻个底朝天。实收资本、资本公积、营业账簿、租赁、购销合同以及企业成立以来的重大合同都是检查的重点。
二、个人所得税问题
财税【2003】158号规定，老板自公司借款，一个纳税年度没有归还，也没有用干生产经营的，应该视同分配股息红利，扣缴个税。因此企业注销前一定要好好自查一下“其他应收款”科目。
三、账面存货低价销售问题
很多企业注销时账面都有存货，是否可以低价销售出去。
四、账面库存分配给投资者问题
例如一家商贸公司，账面有一批20万元的商品，市场价格是25万元，注销时，计划将商品分配给股东时应怎样去缴税。
五，库存损毁了要怎么处理
例如一家商贸公司，在注销时发现，一批百万元的存货中干管理不善毁损没有价值了，这批货物前期已经抵扣了进项税。由于是管理不善导致的般损，注销时应该怎样转出进项税。
六、留抵税额能退吗
企业注销后，期初存货中尚未抵扣的已征税款，以及留抵税额，税务机关是否会再退还。
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